一例胶质瘤1p/19q联合共缺失的多平台（NGS和FISH）检测 - 脑医汇 - 神外资讯

本文介绍一例1p/19q不同平台检出结果不一致的胶质瘤患者。患者病理报告中免疫组化显示IDH1（＋）、ATRX（少＋）、CIC（＋）、FuBP（＋）、H3K27me3（＋），FISH检出1p/19q发生联合共缺失（1p发生缺失、19q发生缺失），病理诊断为少突胶质细胞瘤（WHO II级）。考虑到WHO CNS5肿瘤分类推荐检测多种胶质瘤相关分子标志物从而对胶质瘤患者进行更精准的预后评估，患者加做了一个胶质瘤NGSpanel（阔然胶质瘤分型用药）。通过NGS胶质瘤相关panel检测胶质瘤指南推荐分子标志物，检出结果显示IDH1错义突变、TP53错义突变、ATRX移码突变，患者在NGS检测中未检出1p/19q联合共缺失，根据分子标志物检出结果诊断为星形细胞瘤。这名患者的病理诊断和分子诊断不一致的主要原因是由于1p/19q检出结果不一致所导致的，可能原因是两次检测平台的不一致，在病理诊断中采用了FISH平台，而基因panel检测主要是采用NGS平台。

有文献研究表明在胶质瘤中1p/19q的联合共缺失是少突胶质细胞瘤的分子标志物^[1]。且是1p和19q整个臂的丢失才可以作为少突胶质细胞瘤的诊断和预后意义^[2]。而在2021版WHO中枢神经系统肿瘤分类中根据分子特征将成人胶质瘤分为3类：IDH突变、1p/19q发生联合共缺失的少突胶质细胞瘤，IDH突变的星形细胞瘤和IDH野生型的胶质母细胞瘤^[3]，这些证据都表明1p/19q的联合共缺失是少突胶质细胞瘤的分子标志物，可以辅助少突胶质细胞瘤的诊断。

这个患者的检出结果不一致主要源于两个不同的检测平台，这两个平台的检测原理就有所不同。在NGS平台中，是对1p和19q染色体区域进行SNP位点标记，覆盖整段染色体，再利用生信算法对检测数据进行分析从而得到结果^[4]。而FISH平台则是采用部分覆盖的原理，FISH探针覆盖染色体区域1p36和19q13，包含它们各自染色体臂的大约0.4-1.5%。

目前对于胶质瘤中的1p/19q的不同平台检出结果对比也有较多研究。一项研究利用FISH平台对223例弥漫性星形胶质细胞瘤进行1p/19q检测，发现有8（3.6%）例样本的检测结果与病理诊断不符，通过染色体微阵列（CMA）验证发现是1p/19q未发生联合共缺失，这也表明了利用FISH平台检测1p/19q共缺失可能会出现假阳性^[5]。此外，在另一项研究中通过全外显子组测序、阵列比较基因组杂交（aCGH）和荧光原位杂交（FISH）3个不同的平台检测胶质母细胞瘤的1p和19q的变异，其中在FISH结果中有2例出现了联合共缺失，6例1p缺失，2例19q缺失，通过进一步分析发现FISH检测的1p/或19q缺失对应于aCGH/WES检测结果中的1p36和/或19q13的部分缺失^[6]。从以上研究可以看出FISH检测与其他平台检测结果不一致主要是由于FISH平台不能检出整段染色体变异，而现有研究也表明在一些其他亚型如星形细胞瘤中也会存在1p和19q染色体的部分缺失^[7]。以上表明FISH检测1p/19q可能存在假阳性，患者可能是星形细胞瘤。

对于患者的1p/19q共缺失的两个平台检出结果不一致，进行了第三平台（全基因组分析）的验证，验证结果显示1p未发生缺失，19q发生缺失，检出结果与NGS检出结果一致。

对于患者检出的19q缺失这一变异，有文章提出19q缺失与预后存在相关性，通过对42例IDH突变的胶质瘤进行分析发现：部分IDH突变的星形细胞瘤亚组含有19q缺失和TP53突变，其形态学类似于少突胶质细胞瘤，并且与其他具有IDH突变的AA相比，其预后也显著改善^[8]。

综合以上，患者诊断为IDH突变型、TP53突变型、ATRX突变型伴19q缺失的星形细胞瘤，较其他星形细胞瘤预后较好。

在胶质瘤的病理诊断中会采用免疫组化平台或FISH平台检测部分指南推荐的分子标志物，但这些部分指标不能完全对胶质瘤预后进行精准评估，需要检测更多的分子标志物进行预后评估，所以对于胶质瘤建议使用NGS测序平台补充检测胶质瘤的分子标志物，进行精准分子分型和预后评估。

参考文献

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作者简介

史之峰教授

复旦大学附属华山医院

复旦大学附属华山医院神经外科，博士，副主任医师，副研究员，博士生导师，教育部青年长江学者

复旦大学神经外科研究所分子病理室副主任

中国老年保健协会神经外科学创新与转化分会委员

中国医师协会脑胶质瘤专委会（手术组）委员

世界华人医师协会智慧医疗专委会委员

上海市医学会神经外科分会（基础与转化组）秘书

上海市医学会肿瘤分会青年委员

上海市抗癌协会神经肿瘤专委会秘书长

获得上海市医学会“青年菁英”、上海市人才发展资金资助、上海市科委“启明星”、上海市“医苑新星”

“阔然生物医药科技（上海）有限公司（Shanghai KR Pharmtech, Inc. , Ltd.）”简称“阔然基因”，成立于2015年，总部位于上海，专注于精准医学转化研究与应用，致力于提供多应用场景的一站式分子诊断解决方案。旗下拥有三家高新技术企业和一家专精特新小巨人企业，拥有上海和徐州双研发中心、两家医学检验实验室（“零缺陷”通过CAP权威认证）和精准医学科技研究院，凭借“服务+产品”双重模式开展肿瘤分子诊断、肿瘤免疫微环境检测等业务。首创NGP（下一代病理）+NGS（下一代测序）的临床新应用服务，推动精准医学发展、行业联盟及行业标准的建立，注重分子诊断试剂产品研发、注册、生产和销售，目前拥有6款IVD产品注册申报储备，服务中国500余家医院和科研机构，建立了庞大的基因组数据库，秉承“践行精准医疗”的使命，推动我国医疗事业发展。

阔然基因脑胶质瘤分子诊断系列产品（CaptioX-G）是一款以NGS技术为基础的检测产品。CaptioX-G产品的开发主要以2016年WHO中枢神经系统肿瘤分类、胶质瘤诊疗规范（2018年版）、NCCN指南和cIMPACT-NOW update 1-7为依据，其涉及脑胶质瘤的分子分型（IDH、1p/19q、ATRX、TERTp）、化疗药物(MGMT)和潜在靶向药物相关的基因(MET、FGFR、NTRK、BRAF等)。CaptioX-G系列产品还能对1p/19q和7/10号染色体拷贝数变异进行检测，辅助IDH野生型的较低级别星型胶质细胞瘤和IDH突变型的星形胶质细胞瘤的再分类。CaptioX-G系列产品包括成人脑胶质瘤分子分型（CaptioX-G1）、儿童脑胶质瘤分子分型（CaptioX-pG1）、脑胶质瘤分型用药（CaptioX-G2）等产品，能满足广大脑胶质路患者分子诊断需求。

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