8月31日，北京市神经外科研究所第一期生物信息培训班：脑肿瘤疾病生物信息学的案例分析与实战应用培训班在北京市神经外科研究所顺利开班。来自全国各地的30名神经科学及有关领域学者相聚于此，对脑肿瘤疾病生物信息学进行深入学习和探讨。
北京市神经外科研究所副所长、首都医科大学附属北京天坛医院江涛教授进行了开幕致辞。江涛教授指出，生物信息学是当前高新热点领域之一，与现代生物医药科技发展密切联系，对科研成果向经济产业转化以及达到精准医疗目标具有重要的推动作用。新一代测序和基因芯片等高通量分子生物学技术产生了海量的、多层面组学数据，并广泛应用于人类复杂疾病的研究中。如何有效地对这些宝贵资源进行分析、整合，揭示疾病机制，是生物医学科研人员面临的重大挑战。美国TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据库的建立和发展以及基于TCGA数据库的生物信息挖掘使人们对癌症有了更加深刻的认识，并为癌症的精准诊治奠定了基础。而基于中国人群建立的CGGA (Chinese Glioma Genome Atlas) 数据库是以早日攻克脑胶质瘤这一世界难题为目标，计划建成包含上千例生物信息资料齐全的胶质瘤患者的数据库。CGGA数据库部分开放，而有能力的科研工作者可获取更多的数据，以激励科研工作者勇攀科研高峰。
培训班现场
北京神经外科研究所副所长、首都医科大学附属北京天坛医院江涛教授致辞
生物信息学专家赵征博士为学员讲解常用的生物信息数据库
讲者风采
北京市神经外科研究所张传宝博士为学员讲解R软件的使用
学员与讲师合影留念
学术盛宴：
本次研讨班以脑肿瘤疾病研究为核心，利用来自于中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)，癌症基因组图谱(TCGA)等数据库，以科研成果为案例理论和上机实践相结合的方式，手把手的传授学员如何利用生物医学大数据资源和生物信息学技术手段发表科研论文。在生物信息学理论和实践基础学习的同时，让学员充分了解和掌握本领域前沿动态和最新成果，提高学员分析问题和解决问题的能力，拓展学员专业素质的多元化发展。主讲教师均从事多年生物信息学科研工作，发表过多篇SCI论文，具有丰富的实战经验。
生物信息学专家赵征博士首先介绍了脑胶质瘤研究常用的数据资源和分析工具，从DNA、RNA和蛋白质三个水平介绍了常用的数据资源及数据资源的获取方法。其中着重讲解了三个最常用的数据库：NCBI Sequencing Read Archive (SRA) 数据库、TCGA数据库、CGGA数据库。在课程的最后，赵征博士介绍了基于CGGA数据库的科研成果，如可以指导患者化疗的EM/PM分型，可以指导患者预后的IDH/TERT分型以及可以作为药物靶点的PTPRZ1-MET (ZM) 融合基因等。
中国医科大学程文博士就如何快速构思一篇科研论文提出了自己的见解。首先，程文博士指出，反复查阅文献是把握科研动向的基础，另外为了在有限的时间内完成高质量的科研论文，创新性和可行性是最需要关注的两个方面。他所做的工作即是在可行的基础上将研究的创新性最大化，取得了较好的成果。基于自己之前的研究成果，程文博士详细介绍了每篇文章背后的构思过程，启迪了学员的科研思路。
R软件是一种常用的生物信息分析工具，它集数据处理、计算与制图于一身，在生物信息分析中扮演着重要角色。北京市神经外科研究所张传宝博士对这一分析工具进行了细致的讲解。由于多数学员是第一次接触这一分析工具，张传宝博士从零开始传授使用方法，介绍了R语言的常用函数、数据类型、t检验等，并结合随堂练习使学员初步掌握了R软件的使用方法。
北京市神经外科研究所王政博士进一步为学员讲解了R软件强大的数据处理及制图功能。通过带领学员做例子的方式，使学员迅速掌握R语言的绘图规则，均能绘制出符合文章发表水平的既美观又信息丰富的图片。讲课由浅入深，循序渐进，从开始的散点图，到后来的组合图、生存曲线、ROC曲线等。王政博士带领学员领略了R软件的魅力以及科研制图中的美学。
在江涛教授的授意下，本次培训班还特意设置了晚自习并安排老师答疑，以利于学员更加扎实地掌握白天所学知识。不少学员学习热情高涨，认真练习到晚上八点多才离开。
培训班第二天，学员的学习热情丝毫不减，座无虚席。北京市神经外科研究所胡慧敏博士系统讲解了如何基于大数据生物信息分析进行实验设计以及基因功能研究；樊星博士后根据自己的切身体会与学员分享了英文科研论文的写作技巧与投稿经验；樊小龙教授畅谈了发育生物学指导的肿瘤基因组大数据分析，并对如何有效地将生物信息分析技术与临床实践相结合进行了深入探讨；刘幸博士后向学员演示了如何将影像组学数据与基因组学数据建立关联，为学员提供了新颖的科研思路；王引言博士则通过实战演练，带领学员学习了一些常用的影像学处理软件，练习了医学影像学数据预处理及其标准化流程。在课程的最后，王引言博士还高屋建瓴地提出大家携手共建影像学数据库的设想。
两天的时间转瞬即逝，但学员在这短短的两天内收获良多。各位讲师从多个角度对生物信息分析抽丝剥茧，使学员从如何进行科研构思，到如何获取数据、处理数据，再到如何写作与投稿都有了更加深入的理解。相信各学员今后在各自的工作岗位可以更加顺利地为祖国的医学科研事业贡献出自己的力量。
