昆明市儿童医院神经外科是云南省唯一一家小儿神经外科，是集医疗、教学、科研于一体的小儿神经外科中心。科室拥有住院床位45张，神经重症临床监护病房NICU病房10张，硕士导师1名，主任医师1名，副主任医师1名，主治医师3名。住院医师6名。科室主要亚专业均处于国内领先水平：1.儿童中枢神经系统肿瘤的；2.重型颅脑外伤的综合诊治；3.脑血管疾病的多模态综合治疗；4.儿童中枢神经系统先天疾病的综合治疗（例如：先天性神经管闭合不全、复杂脑积水、Dandy-Walker畸形、Chiari畸形等）

医院拥有先进的神经疾病诊断及治疗设备，建立了完善的儿童神经肿瘤MDT诊疗体系，对脑肿瘤儿童进行个体化治疗；科室同时在众多复杂疾病与相应科室建立多学科协作进行联合诊治。科室多次参加国际学术交流得到国际国内的肯定，并参与国内儿童中枢神经系统肿瘤的多中心研究。发表学术论文及专著多篇。

科室拥有诸如手术机器人、Storz 4k神经内镜、Zeiss、LEICA显微镜、256导术中神经电生理检测仪等先进设备。