南昌大学第二附属医院神经外科创建于1961年9月，是江西省最早开展神经外科疾病、医疗、教学和科研工作的专业科室。在学科带头人祝新根教授及现任科室主任郭华教授的带领下，科室现已发展成为综合优势和整体医疗服务能力与医疗技术水平达到全国一流水平的专科中心：已获批国家临床重点专科，是国家神经系统疾病区域医疗中心建设项目，现为我省脑血管病防治技术牵头单位；2018年入选了国家心脑血管领域疑难病症诊治能力提升工程中心，被评为省内首家全国五星级高级卒中中心；2020年获批国家级综合癫痫中心；2023年获批神经外科专业省级质量控制中心；是全国卒中中心培训基地、国家卫生健康委能力建设和继续教育中心神经外科/神经介入进修与培训基地；是江西省医学会神经外科学分会主委单位，江西省医学会神经外科学分会神经介入学组组长单位，神经外科整体学术影响力处于省内领先、国内先进水平，科研平台实力硬核，神经科学实验室已取得“南昌大学神经科学研究所”、“江西省神经系统肿瘤及脑血管疾病重点实验室”、“江西省神经系统疾病临床医学研究中心”、“长江学者神经科学重点实验室”、“江西省卫生健康神经医学重点实验室”、“南昌大学第二附属医院博士后创新实践基地”等称号。
现有医护人员180余人，医师43人，其中高级职称占比51%，博士后5人，博士28人，占比65.1%，博士生导师7人，硕士生导师20人，祝新根教授是江西省医疗系统唯一的“长江学者奖励计划”特岗学者。
科室共设5个病区，共计241张床位（NICU29张），设有脑血管、脑肿瘤、颅底肿瘤、神经脊柱、功能神经外科、小儿神经外科、神经重症和颅脑创伤等亚专业，能全面独立开展所有神经外科亚专业疾病诊疗技术。
科室担任南昌大学本科、硕士、博士，神经外科住培医师、专培医师，进修医师等各层次的教学培训工作。至今已培养及招收研究生共179名，其中硕士150人，博士25名，博士后工作站已有2位博士后优秀出站，5位在站博士后（其中全职博后3名）。本专业基地招收及培养神经外科专科医师规培生21人（含社会专培2人）。科室自1972年起便正式招收神经外科专科进修医生，现已为省、地市、县、及军队和少数省外地区各级医院培养神经外科专业技术人才近300名。
全科共获得了超过20项国家自然科学基金资助（近三年连续获得多项面青项目资助），近百项省级课题支持，发表了高质量SCI论文160余篇，并多次荣获省级科技进步和自然科学奖，科室多名医师入选江西省“双千人才”，江西省主要学术与学科带头人—青年人才等人才项目，省卫生健康突出贡献中青年专家，省远航工程等人才项目。
